M5 多糖多酚双超mix (MF898)使用“温馨提示”:
——Tips:大豆、番茄具体操作经验请查看最后附录
一、产品说明:
1、根据不同物种的基因组GC/AT含量不同,我们设置了几种2x PCRmix以完成实验。
2、对于常见GC含量均衡物种推荐MF848系列;
3、而对于松树、杨树、棉花、黄瓜等基因组GC含量比较低,推荐MF848-AT;
4、某些海洋生物GC含量非常高,推荐MF848-GC。
5、MF848、MF848-AT、MF848-GC三者唯一的区别就是2x PCR mix不同,其他组分和操作都相同。
6、MF898——多糖多酚物种,茄科、锦葵科、杨柳科、海洋藻类优先考虑,可尝试使用MF848-AT(注意加氯仿操作)
MF848-01 | M5 超光速mix(鼠尾,昆虫,拟南芥,水稻,玉米,小麦等) | 1mL |
MF848-10 | 10x1mL | |
MF848-100 | 100x1mL | |
MF848-AT-01 | M5 高AT物种超光速mix(特指番茄,土豆,棉花,黄瓜,杨树,松树等) | 1mL |
MF848-AT-10 | 10x1mL | |
MF848-AT-100 | 100x1mL | |
MF848-GC-01 | M5 高GC物种超光速mix(特指褐藻,小球藻等) | 1mL |
MF848-GC-10 | 10x1mL | |
MF848-GC-100 | 100x1mL | |
MF898-01 | M5 多糖多酚双超mix(无需提取基因组DNA) | 1mL |
MF898-05 | 5x1mL | |
MF898-10 | 10x1mL |
二、多糖多酚双超mix (MF898)组成
1、裂解液叫“扩增最佳伴侣”(MF859)
2、2x PCR 双超mix
3、ddH2O
三、组分说明与操作建议
1、本产品免基因组DNA提取
“扩增最佳伴侣”的作用是裂解细胞,释放出DNA当模板(请摸索最适合您实验的最佳伴侣和样本的比例关系)
Tips:
①样本太多:会超出最佳伴侣的处理上限,导致裂解不完全;
②样本太少:会造成模板浓℃过低,导致PCR失败;
③因为裂解液在特殊的情况下需要20-50uL,而标准裂解是20uL处理体系,可能会有客户单独购买裂解液的需求,所以也可以单独购买。
④在您收到本产品后,打开包装,将“扩增最佳伴侣”取出放在室温,使用前看看是否有沉淀,一定要确保裂解液没有沉淀,否则按说明书在37℃溶解澄清后使用。
2、样本处理量建议:
①菌液、菌体和液体样本,推荐是10uL处理体系。
②而植物和动物组织,推荐是20uL加入1-2 mm2的样本;
③对于比较难处理的组织可以用50-100uL裂解液。
3、研磨小技巧:
① 将黄枪头用火灼烧融化成自制的“研磨杵”,在0.2mLPCR管中研磨幼嫩组织或者昆虫;
② 成熟叶片或较大组织,加入50-100uL裂解液在1.5mL 离心管中用研磨杵旋转挤压破壁;
③ 种子或很厚样本(杨树叶片)需要先用液氮研磨,再取少数样本加入50-100uL裂解液;
务必采用适合的研磨方式来破碎组织,让细胞充分破裂释放DNA。 (可以通过看裂解液的颜色来判断是否充分破碎)
4、建议操作步骤:
①加裂解液后,沸水浴处理3-5分钟。如果实验室没有沸水浴,也可以用PCR仪98℃处理3-5分钟。
②12000rpm离心1-2分钟,取1-2uL做PCR模板,剩余的放在-20℃保存一个月以上,以备后续再次检测。再次取出做模板时,务必12000rpm离心1-2分钟才能取上清1-2uL做PCR模板。
③本产品主要针对多糖多酚的植物样本(比如棉花、烟草、番茄、杨树和一些海藻)和动物鼠尾等样本,在沸水浴冷却到室温,加入等体积的氯仿振荡处理,然后12000rpm离心2分钟取上清,效果会有很大改善。
④PCR程序设置:把PCR延伸速度降下来,平时是5-10秒/kb, 现在要变成30-60秒/kb。因为在粗提物为模版的PCR中速度慢,好比类似在水里跑步和 陆地跑步!
⑤PCR循环数:CTAB提取的DNA纯度高,浓度大,而本产品处理的DNA模板是粗提物,循环数要比以前用CTAB模板增加2-3个循环,效果会好很多。
M5 多糖多酚双超mix(无需提取基因组DNA)说明书
产品名称 | 规格 | 货号 |
M5 多糖多酚双超mix | 1 mL | MF898-01 |
M5 多糖多酚双超mix | 10 x 1ml | MF898-10 |
M5 多糖多酚双超mix | 100 × 1 mL | MF898-100 |
* 支持定制无染料款
【储存条件】
1、多糖多酚双超mix长期保存请置于-20˚C,有效期24个月。经常使用,可置于4˚C保存至少六个月。
2、直接扩增最佳伴侣,收到后置于常温保存,如果4˚C或-20˚C保存出现结晶,请将该试剂置于37℃水浴中重新溶解后摇匀使用。
【产品简介】
本产品包含聚合美特制的M5 Hiper双超mix直接扩增最佳伴侣,可以迅速裂解酵母、农杆菌、革兰氏阳性菌、放线菌等微生物的细胞壁,短暂煮沸后的液体可以直接作为PCR模板;同样可以用于动植物组织细胞样品的裂解,是各种粗样品直接PCR的必备神器,可兼容普通Taq酶或高保真酶的下游PCR扩增。
本产品包含聚合美特制Best W5 HiPer High-Fidelity DNA Polymerase、dNTPs、MgCl2、反应缓冲液、PCR反应的增强剂、优化剂以及稳定剂,浓度为2×。Best W5 HiPer High-Fidelity DNA Polymerase比普通Taq酶扩增效率高、错配率低,具有快速简便、灵敏度高、特异性强、稳定性好、扩增速度快(30-60秒1kb)等优点。
可最大限度地减少人为误差,可用于高特异性PCR反应及GC含量较高(>60%)具有二级结构等复杂模板的扩增和大规模基因检测。PCR 产物是平末端,纯化后可直接用于TA 载体克隆(货号MF021或MF022)。
本产品有含红色染料,在PCR 反应完成后,不需添加上样缓冲液即可直接上样进行电泳;也可经过纯化处理,以用于酶切、连接、荧光测序等后续操作。红色染料可指示电泳进程,其迁移速度在1% TAE琼脂糖凝胶中与800 bp 双链DNA 片段相近。
【产品组份】
储存温度 MF898-01 MF898-10 MF898-100
2x M5 Hiper双超mix (with red dye) -20˚C 1 ml 10x1ml 100x1ml
M5 Hiper双超mix直接扩增最佳伴侣 常温 2 ml 10x2ml 100x2ml
Nuclease-free ddH2O 常温 1 ml 10x1ml 100x1ml
【适用范围】
1.基因检测:本产品不同批次之间误差很小,特别适合大规模基因检测、半定量PCR实验和微量DNA的检测。
2.用于从复杂模板中如基因组等扩增PCR产物,如表达基因的克隆、基因的定点突变和细胞内基因点突变的分析(SNP)等。
【所需试剂】
使用者仅需准备PCR反应的模板和引物等。
***【样本处理方法】***
A、裂解液处理组织样品时取样切勿太多:10-20uL裂解液加入1-2mm2(1-2平方毫米)大小样本为宜!
B、裂解液处理后的用做PCR模板,加入的量不要超过PCR体系的1/10。
1、菌液样品
将培养至对数生长期的菌液(酵母、革兰氏阳性菌、农杆菌、放线菌培养液等)以菌液和裂解液体积比1:2混合(5uL菌液:10uL最佳伴侣),直接沸水浴3-5分钟,短暂离心后取1-2µL作为后续PCR模板。
2、平板上的菌落
用灭菌枪头挑取少量菌体,加入10 µL最佳伴侣,吹吸混匀,95 ˚C或沸水浴3-5 分钟,12000rpm离心1-2分钟,取1-2µL作为后续 PCR模板。
3、血液或其他液体样品(尿液、组织液或者各种体液)
以液体样本和裂解液体积比1:2混合(5uL样本:10uL最佳伴侣),95 ˚C或煮沸3-5分钟,12000rpm离心1-2分钟,取1-2µL作为后续PCR模板。
4、植物组织样品(幼嫩叶片,果实、种子、根组织等)
50uL裂解液加入2-3mm2样本,将固体样品尽量研磨,煮沸3-5分钟,(棉花、烟草、杨树、番茄、柑橘等多糖多酚类样本,等上述样本冷却到室温加入50uL氯仿,Vortex 10秒),12000rpm离心2分钟,取1-2µL作为后续PCR模板。
制备样本小技巧:
①、沿用实验室已有处理样本的流程(液氮速冻,冻完尽快打样),原来怎么取样就怎么取,用钢珠怎么打样就怎么打。
②、然后尽快用牙签挑取一点打碎的样本到20ul裂解液中,这步非常关键,完全解决了因为客户采样多少带来的油多坏菜问题。
③、后续就按我们推荐的95度加热5分钟,然后12000rpm离心2分钟取1-2ul上清做PCR。
5、动物组织样品(鼠尾、鼠耳等组织)
20uL裂解液加入2mm2样本,将固体样品尽量研磨,煮沸3-5分钟,(鼠尾、鼠趾等富含胶质样本,等上述样本冷却到室温加入20uL氯仿,Vortex 10秒)12000rpm离心1-2分钟,取1-2µL作为后续PCR模板。
6、 土壤等环境组织样品
20uL裂解液加入2mm2(2平方毫米)样本,将固体样品尽量研磨,95 ˚C或煮沸3-5分钟,12000rpm离心1-2分钟,取1-2µL作为后续PCR模板。
【PCR操作示例】 | |
按下表配制PCR反应体系(冰上操作): | |
TempLate DNA(上述步骤准备) | 1-2µL |
2x M5 Hiper超光速mix (with bLue dye) | 10 μL |
Primer 1 (10 μM) | 0.5 µL |
Primer 2 (10 μM) | 0.5 µL |
NucLease-free ddH2O补足至 | 20 µL |
建议的PCR条件: | |
95°C | 3 min. |
32-36 *cycLes of | |
94°C | 25 sec. |
55–64°C | 25 sec. |
72°C | 30-60sec.** / kb DNA |
72°C | 5 min. |
4°C | forever |
【PCR程序设置注意事项】
* 若以粗提物为模板做PCR,因为模板量更少,PCR循环数应比用CTAB提取DNA做模板时多2-3个循环。
**若以粗提物为模板做PCR,杂质比较多,降低扩增速度有利于得到稳定结果,建议延伸60秒/1kb。
【备注】
本产品仅供科研使用。在确认产品质量出现问题时,本公司承诺为客户免费更换等量的质量合格产品。
以下为附录部分
大豆(豆科)图位克隆或转基因鉴定
细胞壁特性:纤维素、果胶、大量角质和蜡质,裂解液和高温加热能够破壁。
是否需要研磨:需要充分研磨。
选择货号:MF848。
样本选择:可考虑鉴定完毕后,再移栽阳性苗到土里!
方案1:平皿上培养2周的幼苗根组织。
①根部没有叶绿素,细胞壁特别薄,根尖的细胞密集,处理起来方便;
②大豆长出侧根后,取2-3条做鉴定不影响苗子存活;
③鉴定完毕再移栽节省劳动力和实验室温室空间。
方案2:幼嫩叶片。
细胞壁较好破碎(成熟叶片或者种子,研磨时需要更加使劲,裂解液由20µl变成50µl)
其他选择:如果实验室已经有成熟的样本采集和磨样方法(八联排或者96孔板处理样本),一切照旧,只需在研磨完后向每个样本加入20µl-50µl裂解液(视样本年龄和软硬程度),进行后续加热和离心操作。
处理方法:
1、采集:用镊子截取2-3条侧根,或者用打孔器或者剪刀采集2-3mm2叶片到1.5ml离心管中;
Tips:
①每采集完一个样本用清水或者75%乙醇清洗镊子、打孔器或者剪刀,然后用纸巾擦干后,方可进行第二个样本采集,以防交叉污染。
②等所有样本采集完才进行第二步操作。
③如果采用八联排管或者96孔板处理样本,请确保实验室有相应的离心设备(甩板离心机或其他离心机,需要考虑转速问题)。
2、研磨:向每个离心管加入20-50µl裂解液(视样本老嫩软硬程度),利用研磨杵,用力旋转3-5次,将根组织捣烂至裂解液变成米白色,叶片尽量捣烂至裂解液变成黄绿色;
3、加热:95 ˚C或沸水浴5分钟;
4、离心:12000rpm离心2分钟,取1-2µl作为后续PCR模板。
5、PCR程序调整:1)扩增速度1kb/分钟;2)循环数比平时扩增程序增加2-3个。
制备样本小技巧:
1、沿用实验室已有处理样本的流程(液氮速冻,冻完尽快打样),原来怎么取样就怎么取,用钢珠怎么打样就怎么打。
2、然后尽快用牙签挑取一点打碎的样本到20ul裂解液中,这步非常关键,完全解决了因为客户采样多少带来的油多坏菜问题。
3、后续就按我们推荐的95度加热5分钟,然后12000rpm离心2分钟取1-2ul上清做PCR。
经典案例展示:(感谢中国农科院作物所大豆组郭勇老师供图)
M 1 2 3
1和2都是超光速mix裂解液处理,3是CTAB提取DNA做模板,同一个PCR程序
烟草、番茄、马铃薯(茄科)图位克隆或转基因鉴定
细胞壁特性:纤维素、果胶、大量角质和蜡质,细胞内含有大量多糖多酚物质,裂解液和高温加热能够破壁。
是否需要研磨:需要充分研磨。
选择货号:优先选择MF898,可以尝试MF848-AT。
片段长度:尽量不要超过500bp,如果大于500bp,请用聚合美超保真mix(MF743)。
样本选择:可考虑请鉴定完毕后再移栽阳性苗到土里!
方案1:平皿上培养2周的幼苗根组织。
①根部没有叶绿素,细胞壁特别薄,根尖的细胞密集,处理起来方便;
②长出侧根后,取2-3条做鉴定不影响苗子存活;
③鉴定完毕再移栽节省劳动力和实验室温室空间。
方案2:幼嫩叶片。
细胞壁较好破碎(成熟叶片或者种子,研磨时需要更加使劲,裂解液由20µl变成50µl)
其他选择:如果实验室已经有成熟的样本采集和磨样方法(八联排或者96孔板处理样本),一切照旧,只需在研磨完后向每个样本加入20µl-50µl裂解液(视样本年龄和软硬程度),进行后续加热和离心操作。
***【样本处理方法】***
A、裂解液处理组织样品时取样切勿太多:10-20uL裂解液加入1-2mm2(1-2平方毫米)大小样本为宜!
B、裂解液处理后的用做PCR模板,加入的量不要超过PCR体系的1/10。
1、菌液样品
将培养至对数生长期的菌液(酵母、革兰氏阳性菌、农杆菌、放线菌培养液等)以菌液和裂解液体积比1:2混合(5uL菌液:10uL最佳伴侣),直接沸水浴3-5分钟,短暂离心后取1-2µL作为后续PCR模板。
2、平板上的菌落
用灭菌枪头挑取少量菌体,加入10 µL最佳伴侣,吹吸混匀,95 ˚C或沸水浴3-5 分钟,12000rpm离心1-2分钟,取1-2µL作为后续 PCR模板。
3、血液或其他液体样品(尿液、组织液或者各种体液)
以液体样本和裂解液体积比1:2混合(5uL样本:10uL最佳伴侣),95 ˚C或煮沸3-5分钟,12000rpm离心1-2分钟,取1-2µL作为后续PCR模板。
4、植物组织样品(幼嫩叶片,果实、种子、根组织等)
50uL裂解液加入2-3mm2样本,将固体样品尽量研磨,煮沸3-5分钟,(棉花、烟草、杨树、番茄、柑橘等多糖多酚类样本,等上述样本冷却到室温加入50uL氯仿,Vortex 10秒),12000rpm离心2分钟,取1-2µL作为后续PCR模板。
制备样本小技巧:
①、沿用实验室已有处理样本的流程(液氮速冻,冻完尽快打样),原来怎么取样就怎么取,用钢珠怎么打样就怎么打。
②、然后尽快用牙签挑取一点打碎的样本到20ul裂解液中,这步非常关键,完全解决了因为客户采样多少带来的油多坏菜问题。
③、后续就按我们推荐的95度加热5分钟,然后12000rpm离心2分钟取1-2ul上清做PCR。
5、动物组织样品(鼠尾、鼠耳等组织)
20uL裂解液加入2mm2样本,将固体样品尽量研磨,煮沸3-5分钟,(鼠尾、鼠趾等富含胶质样本,等上述样本冷却到室温加入20uL氯仿,Vortex 10秒)12000rpm离心1-2分钟,取1-2µL作为后续PCR模板。
6、 土壤等环境组织样品
20uL裂解液加入2mm2(2平方毫米)样本,将固体样品尽量研磨,95 ˚C或煮沸3-5分钟,12000rpm离心1-2分钟,取1-2µL作为后续PCR模板。
制备样本小技巧:
1、沿用实验室已有处理样本的流程(液氮速冻,冻完尽快打样),原来怎么取样就怎么取,用钢珠怎么打样就怎么打。
2、然后尽快用牙签挑取一点打碎的样本到20ul裂解液中,这步非常关键,完全解决了因为客户采样多少带来的油多坏菜问题。
3、后续就按我们推荐的95度加热5分钟,然后12000rpm离心2分钟取1-2ul上清做PCR。
经典案例展示:(感谢华南农业大学农学院周老师课题组美亲供图)